Sukcesywnye usługi analizy metagenomowej DNA wyizolowanego z próbek glebowych pobranych w środowisku leśnym
ROZWIŃ

Opis przedmiotu przetargu: Sukcesywne usługi analizy metagenomowej DNA wyizolowanego z próbek glebowych pobranych w środowisku leśnym Zadanie 1. Analiza maksymalnie 45 próbek Zadanie 2. Analiza maksymalnie 180 próbek. Zadanie 3. Analiza maksymalnie 48 próbek Próbki dostarczane będą sukcesywnie partiami w trakcie trwania umowy. W zakres świadczonej usługi dla Zadań 1-3 muszą wchodzić: 1. Przygotowanie bibliotek z wykorzystaniem dostarczonego, wyizolowanego z prób glebowych DNA, na potrzeby sekwencjonowania NGS regionu ITS1 przy pomocy sekwenatora MiSeq (Illumina). 2. Sekwencjonowanie DNA regionu ITS1 (sekwenator MiSeq) z zestawem odczynników umożliwiającym odczyt w trybie sparowanych końców o długości 2x250 nukleotydów. Spodziewana średnia liczba par odczytów na próbkę powinna wynosić 50 000. 3. Podstawowa analiza bioinformatyczna w ramach której uzyskane wyniki zostaną przefiltrowane – rozdzielone na poszczególne próby, usunięte zostaną sekwencje o niskiej jakości, wyodrębnione zostaną jednostki taksonomiczne - OTU (Operational Taxonomic Unit), wykonana zostanie analiza taksonomiczna próbek (w oparciu o bazę UNITE), analiza alfa i beta diversity oraz dostarczone zostaną wyniki liczbowe i graficzne o jakości nadającej się do publikacji naukowych. Podstawowa analiza bioinformatyczna dotyczy wszystkich prób dostarczonych w ramach Zadań 1-3 (Zadanie 1 – 45 prób; Zadanie 2 – 180 prób, Zadanie 3 -48 prób) W ramach analizy bioinformatycznej niezbędne będzie również wykonanie porównań wg poniższego schematu: Zadanie 1. Analiza porównawcza obejmie wszystkie 45 prób. Z1.1 T1 VS Z1.2 T1 VS Z1.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T1) Z2.1 T1 VS Z2.2 T1 VS Z2.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T1) Z3.1 T1 VS Z3.2 T1 VS Z3.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T1) Z4.1 T1 VS Z4.2 T1 VS Z4.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T1) Z5.1 T1 VS Z5.2 T1 VS Z5.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T1) Z1.1 T2 VS Z1.2 T2 VS Z1.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T2) Z2.1 T2 VS Z2.2 T2 VS Z2.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T2) Z3.1 T2 VS Z3.2 T2 VS Z3.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T2) Z4.1 T2 VS Z4.2 T2 VS Z4.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T2) Z5.1 T2 VS Z5.2 T2 VS Z5.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T2) Z1.1 T3 VS Z1.2 T3 VS Z1.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T3) Z2.1 T3 VS Z2.2 T3 VS Z2.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T3) Z3.1 T3 VS Z3.2 T3 VS Z3.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T3) Z4.1 T3 VS Z4.2 T3 VS Z4.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T3) Z5.1 T3 VS Z5.2 T3 VS Z5.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T3) Z1 T1 VS Z2 T1 VS Z3 T1 VS Z4 T1 VS Z5 T1 Z1 T2 VS Z2 T2 VS Z3 T2 VS Z4 T2 VS Z5 T2 Z1 T3 VS Z2 T3 VS Z3 T3 VS Z4 T3 VS Z5 T3 Z1 T1 VS Z1 T2 VS Z5 T3 Z2 T1 VS Z2 T2 VS Z5 T3 Z3 T1 VS Z3 T2 VS Z5 T3 Z4 T1 VS Z4 T2 VS Z5 T3 Z5 T1 VS Z5 T2 VS Z5 T3 Zadanie 2. Analiza porównawcza obejmie 180 prób w dwóch powtórzeniach po 90 30 PORÓWNAŃ: (ST1 G1 +ST1 G2) VS ST1 R1, ………, (ST30 G1 +ST30 G2) VS ST30 R1 plus (ST1 G1 + ST1 G2 + ST1 R1) VS (ST2 G1 + ST2 G2 + ST2 R1) VS ……. VS (ST30 G1 + ST30 G2 + ST30 R1) (ST1 G1 + ST1 G2) VS (ST2 G1 + ST2 G2) VS ……. VS (ST30 G1 + ST30 G2) ST1 R1 VS ST2 R1 VS ……. VS ST30 R1 Zadanie 3 Analiza porównawcza dotyczyć będzie 48 prób w 2 powtórzeniach po 24 próby R.1.1 VS R1.2 VS R1.3 VS R1.4 (po uśrednieniu dalej jako R1) R2.1 VS R2.2 VS R1.3 VS R2.4 (po uśrednieniu dalej jako R2) R3.1 VS R3.2 VS R5.3 VS R3.4 (po uśrednieniu dalej jako R3) G.1.1 VS G1.2 VS G1.3 VS G1.4 (po uśrednieniu dalej jako G1) G2.1 VS G2.2 VS G1.3 VS G2.4 (po uśrednieniu dalej jako G2) G3.1 VS G3.2 VS G5.3 VS G3.4 (po uśrednieniu dalej jako G3) R1 VS G1 R2 VS G2 R3 VS G3 R1 VS R2 VS R3 G1 VS G2 VS G3 4. Próbki dostarczane będą firmą kurierską na koszt Wykonawcy. 5. Czas realizacji całego procesu nie może przekroczyć 70 dni kalendarzowych liczone od dnia dostarczenia próbek do momentu skutecznego przekazania wyników analizy bioinformatycznej. 6. Wykonawca musi prowadzić ewidencję powierzonego materiału, a w sytuacji stwierdzenia braków w przesłanym materiale (np.: brak konkretnej próbki) informuje - Kierownika projektu lub osobę przez niego wyznaczoną o zaistniałej sytuacji w ciągu 12 godzin liczone od momentu obioru przekazanego materiału. 7. Wykonawca zobowiązany jest do przekazania Zamawiającemu wyników w postaci pliku .fastaq oraz zestawienia wyników analizy bioinformatycznej w pliku kompatybilnym z pakietem MS Office w wersji elektronicznej, na podany w umowie adres mailowy Zamawiającego lub poprzez stronę internetową lub ftp Wykonawcy poprzez indywidualne spersonalizowane konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. 8. Wykonawca zobowiązany jest również do dostarczenia w formie elektronicznej (plik kompatybilny z Microsoft Office Word) w języku polskim i języku angielskim kompletu danych dotyczących metodyki oznaczeń. 9. Wskazane ilości prób są wielkościami planowanymi, przyjętymi do celów porównania ofert i wyboru najkorzystniejszej oferty. Wykonawcy, z którym Zamawiający podpisze umowę, nie przysługuje roszczenie o realizację usługi w ww. zakresie. Zamawiający gwarantuje zakup 70% usług. Niewykupienie przez Zamawiającego 30% przedmiotu zamówienia nie może stanowić podstawy do roszczeń odszkodowawczych ze strony Wykonawcy z tytułu niezrealizowania warunków zamówienia. 10. Zamawiający w trakcie realizacji umowy może dokonać przesunięć w liczbie prób pomiędzy zadaniami wg bieżących potrzeb, przy niezmiennej wartości umowy.

Publikacja BZP / TED


Ogłoszenie nr 637883-N-2018 z dnia 2018-10-17 r.

Instytut Dendrologii PAN: Sukcesywnye usługi analizy metagenomowej DNA wyizolowanego z próbek glebowych pobranych w środowisku leśnym
OGŁOSZENIE O ZAMÓWIENIU - Usługi

Zamieszczanie ogłoszenia:
Zamieszczanie obowiązkowe

Ogłoszenie dotyczy:
Zamówienia publicznego

Zamówienie dotyczy projektu lub programu współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej

Nie


Nazwa projektu lub programu


O zamówienie mogą ubiegać się wyłącznie zakłady pracy chronionej oraz wykonawcy, których działalność, lub działalność ich wyodrębnionych organizacyjnie jednostek, które będą realizowały zamówienie, obejmuje społeczną i zawodową integrację osób będących członkami grup społecznie marginalizowanych

Nie

Należy podać minimalny procentowy wskaźnik zatrudnienia osób należących do jednej lub więcej kategorii, o których mowa w art. 22 ust. 2 ustawy Pzp, nie mniejszy niż 30%, osób zatrudnionych przez zakłady pracy chronionej lub wykonawców albo ich jednostki (w %)
SEKCJA I: ZAMAWIAJĄCY

Postępowanie przeprowadza centralny zamawiający

Nie

Postępowanie przeprowadza podmiot, któremu zamawiający powierzył/powierzyli przeprowadzenie postępowania

Nie

Informacje na temat podmiotu któremu zamawiający powierzył/powierzyli prowadzenie postępowania:


Postępowanie jest przeprowadzane wspólnie przez zamawiających

Nie

Jeżeli tak, należy wymienić zamawiających, którzy wspólnie przeprowadzają postępowanie oraz podać adresy ich siedzib, krajowe numery identyfikacyjne oraz osoby do kontaktów wraz z danymi do kontaktów:


Postępowanie jest przeprowadzane wspólnie z zamawiającymi z innych państw członkowskich Unii Europejskiej

Nie

W przypadku przeprowadzania postępowania wspólnie z zamawiającymi z innych państw członkowskich Unii Europejskiej – mające zastosowanie krajowe prawo zamówień publicznych:


Informacje dodatkowe:


I. 1) NAZWA I ADRES:
Instytut Dendrologii PAN, krajowy numer identyfikacyjny 32615000000, ul. ul. Parkowa  5 , 62035   Kórnik, woj. wielkopolskie, państwo Polska, tel. 618 170 033, e-mail wjakub@man.poznan.pl, faks 618 170 166.
Adres strony internetowej (URL): www.idpan.poznan.pl
Adres profilu nabywcy:
Adres strony internetowej pod którym można uzyskać dostęp do narzędzi i urządzeń lub formatów plików, które nie są ogólnie dostępne

I. 2) RODZAJ ZAMAWIAJĄCEGO:
Inny (proszę określić):
Nauka

I.3) WSPÓLNE UDZIELANIE ZAMÓWIENIA (jeżeli dotyczy):
Podział obowiązków między zamawiającymi w przypadku wspólnego przeprowadzania postępowania, w tym w przypadku wspólnego przeprowadzania postępowania z zamawiającymi z innych państw członkowskich Unii Europejskiej (który z zamawiających jest odpowiedzialny za przeprowadzenie postępowania, czy i w jakim zakresie za przeprowadzenie postępowania odpowiadają pozostali zamawiający, czy zamówienie będzie udzielane przez każdego z zamawiających indywidualnie, czy zamówienie zostanie udzielone w imieniu i na rzecz pozostałych zamawiających):

I.4) KOMUNIKACJA:


Nieograniczony, pełny i bezpośredni dostęp do dokumentów z postępowania można uzyskać pod adresem (URL)
Nie


Adres strony internetowej, na której zamieszczona będzie specyfikacja istotnych warunków zamówienia
Nie
www.idpan.poznan.pl/bip


Dostęp do dokumentów z postępowania jest ograniczony - więcej informacji można uzyskać pod adresem
Nie


Oferty lub wnioski o dopuszczenie do udziału w postępowaniu należy przesyłać:


Elektronicznie
Nie
adres


Dopuszczone jest przesłanie ofert lub wniosków o dopuszczenie do udziału w postępowaniu w inny sposób:

Nie
Inny sposób:


Wymagane jest przesłanie ofert lub wniosków o dopuszczenie do udziału w postępowaniu w inny sposób:

Tak
Inny sposób:
Oferta wraz z załączonymi wymaganymi dokumentami wnoszone są do Zamawiającego (nr pokoju 103) wyłącznie w formie pisemnej za pośrednictwem operatora pocztowego, osobiście lub za pośrednictwem posłańca.
Adres:
Instytut Dendrologii Polskiej Akademii Nauk, ul Parkowa 5, 62-035 Kórnik


Komunikacja elektroniczna wymaga korzystania z narzędzi i urządzeń lub formatów plików, które nie są ogólnie dostępne
Nie
Nieograniczony, pełny, bezpośredni i bezpłatny dostęp do tych narzędzi można uzyskać pod adresem: (URL)
SEKCJA II: PRZEDMIOT ZAMÓWIENIA


II.1) Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego:
Sukcesywnye usługi analizy metagenomowej DNA wyizolowanego z próbek glebowych pobranych w środowisku leśnym

Numer referencyjny:


Przed wszczęciem postępowania o udzielenie zamówienia przeprowadzono dialog techniczny

Nie


II.2) Rodzaj zamówienia:
Usługi

II.3) Informacja o możliwości składania ofert częściowych

Zamówienie podzielone jest na części:
Nie

Oferty lub wnioski o dopuszczenie do udziału w postępowaniu można składać w odniesieniu do:



Zamawiający zastrzega sobie prawo do udzielenia łącznie następujących części lub grup części:



Maksymalna liczba części zamówienia, na które może zostać udzielone zamówienie jednemu wykonawcy:





II.4) Krótki opis przedmiotu zamówienia
(wielkość, zakres, rodzaj i ilość dostaw, usług lub robót budowlanych lub określenie zapotrzebowania i wymagań )
a w przypadku partnerstwa innowacyjnego - określenie zapotrzebowania na innowacyjny produkt, usługę lub roboty budowlane:
Sukcesywne usługi analizy metagenomowej DNA wyizolowanego z próbek glebowych pobranych w środowisku leśnym Zadanie 1. Analiza maksymalnie 45 próbek Zadanie 2. Analiza maksymalnie 180 próbek. Zadanie 3. Analiza maksymalnie 48 próbek Próbki dostarczane będą sukcesywnie partiami w trakcie trwania umowy. W zakres świadczonej usługi dla Zadań 1-3 muszą wchodzić: 1. Przygotowanie bibliotek z wykorzystaniem dostarczonego, wyizolowanego z prób glebowych DNA, na potrzeby sekwencjonowania NGS regionu ITS1 przy pomocy sekwenatora MiSeq (Illumina). 2. Sekwencjonowanie DNA regionu ITS1 (sekwenator MiSeq) z zestawem odczynników umożliwiającym odczyt w trybie sparowanych końców o długości 2x250 nukleotydów. Spodziewana średnia liczba par odczytów na próbkę powinna wynosić 50 000. 3. Podstawowa analiza bioinformatyczna w ramach której uzyskane wyniki zostaną przefiltrowane – rozdzielone na poszczególne próby, usunięte zostaną sekwencje o niskiej jakości, wyodrębnione zostaną jednostki taksonomiczne - OTU (Operational Taxonomic Unit), wykonana zostanie analiza taksonomiczna próbek (w oparciu o bazę UNITE), analiza alfa i beta diversity oraz dostarczone zostaną wyniki liczbowe i graficzne o jakości nadającej się do publikacji naukowych. Podstawowa analiza bioinformatyczna dotyczy wszystkich prób dostarczonych w ramach Zadań 1-3 (Zadanie 1 – 45 prób; Zadanie 2 – 180 prób, Zadanie 3 -48 prób) W ramach analizy bioinformatycznej niezbędne będzie również wykonanie porównań wg poniższego schematu: Zadanie 1. Analiza porównawcza obejmie wszystkie 45 prób. Z1.1 T1 VS Z1.2 T1 VS Z1.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T1) Z2.1 T1 VS Z2.2 T1 VS Z2.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T1) Z3.1 T1 VS Z3.2 T1 VS Z3.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T1) Z4.1 T1 VS Z4.2 T1 VS Z4.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T1) Z5.1 T1 VS Z5.2 T1 VS Z5.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T1) Z1.1 T2 VS Z1.2 T2 VS Z1.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T2) Z2.1 T2 VS Z2.2 T2 VS Z2.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T2) Z3.1 T2 VS Z3.2 T2 VS Z3.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T2) Z4.1 T2 VS Z4.2 T2 VS Z4.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T2) Z5.1 T2 VS Z5.2 T2 VS Z5.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T2) Z1.1 T3 VS Z1.2 T3 VS Z1.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T3) Z2.1 T3 VS Z2.2 T3 VS Z2.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T3) Z3.1 T3 VS Z3.2 T3 VS Z3.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T3) Z4.1 T3 VS Z4.2 T3 VS Z4.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T3) Z5.1 T3 VS Z5.2 T3 VS Z5.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T3) Z1 T1 VS Z2 T1 VS Z3 T1 VS Z4 T1 VS Z5 T1 Z1 T2 VS Z2 T2 VS Z3 T2 VS Z4 T2 VS Z5 T2 Z1 T3 VS Z2 T3 VS Z3 T3 VS Z4 T3 VS Z5 T3 Z1 T1 VS Z1 T2 VS Z5 T3 Z2 T1 VS Z2 T2 VS Z5 T3 Z3 T1 VS Z3 T2 VS Z5 T3 Z4 T1 VS Z4 T2 VS Z5 T3 Z5 T1 VS Z5 T2 VS Z5 T3 Zadanie 2. Analiza porównawcza obejmie 180 prób w dwóch powtórzeniach po 90 30 PORÓWNAŃ: (ST1 G1 +ST1 G2) VS ST1 R1, ………, (ST30 G1 +ST30 G2) VS ST30 R1 plus (ST1 G1 + ST1 G2 + ST1 R1) VS (ST2 G1 + ST2 G2 + ST2 R1) VS ……. VS (ST30 G1 + ST30 G2 + ST30 R1) (ST1 G1 + ST1 G2) VS (ST2 G1 + ST2 G2) VS ……. VS (ST30 G1 + ST30 G2) ST1 R1 VS ST2 R1 VS ……. VS ST30 R1 Zadanie 3 Analiza porównawcza dotyczyć będzie 48 prób w 2 powtórzeniach po 24 próby R.1.1 VS R1.2 VS R1.3 VS R1.4 (po uśrednieniu dalej jako R1) R2.1 VS R2.2 VS R1.3 VS R2.4 (po uśrednieniu dalej jako R2) R3.1 VS R3.2 VS R5.3 VS R3.4 (po uśrednieniu dalej jako R3) G.1.1 VS G1.2 VS G1.3 VS G1.4 (po uśrednieniu dalej jako G1) G2.1 VS G2.2 VS G1.3 VS G2.4 (po uśrednieniu dalej jako G2) G3.1 VS G3.2 VS G5.3 VS G3.4 (po uśrednieniu dalej jako G3) R1 VS G1 R2 VS G2 R3 VS G3 R1 VS R2 VS R3 G1 VS G2 VS G3 4. Próbki dostarczane będą firmą kurierską na koszt Wykonawcy. 5. Czas realizacji całego procesu nie może przekroczyć 70 dni kalendarzowych liczone od dnia dostarczenia próbek do momentu skutecznego przekazania wyników analizy bioinformatycznej. 6. Wykonawca musi prowadzić ewidencję powierzonego materiału, a w sytuacji stwierdzenia braków w przesłanym materiale (np.: brak konkretnej próbki) informuje - Kierownika projektu lub osobę przez niego wyznaczoną o zaistniałej sytuacji w ciągu 12 godzin liczone od momentu obioru przekazanego materiału. 7. Wykonawca zobowiązany jest do przekazania Zamawiającemu wyników w postaci pliku .fastaq oraz zestawienia wyników analizy bioinformatycznej w pliku kompatybilnym z pakietem MS Office w wersji elektronicznej, na podany w umowie adres mailowy Zamawiającego lub poprzez stronę internetową lub ftp Wykonawcy poprzez indywidualne spersonalizowane konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. 8. Wykonawca zobowiązany jest również do dostarczenia w formie elektronicznej (plik kompatybilny z Microsoft Office Word) w języku polskim i języku angielskim kompletu danych dotyczących metodyki oznaczeń. 9. Wskazane ilości prób są wielkościami planowanymi, przyjętymi do celów porównania ofert i wyboru najkorzystniejszej oferty. Wykonawcy, z którym Zamawiający podpisze umowę, nie przysługuje roszczenie o realizację usługi w ww. zakresie. Zamawiający gwarantuje zakup 70% usług. Niewykupienie przez Zamawiającego 30% przedmiotu zamówienia nie może stanowić podstawy do roszczeń odszkodowawczych ze strony Wykonawcy z tytułu niezrealizowania warunków zamówienia. 10. Zamawiający w trakcie realizacji umowy może dokonać przesunięć w liczbie prób pomiędzy zadaniami wg bieżących potrzeb, przy niezmiennej wartości umowy.


II.5) Główny kod CPV:
73111000-3

Dodatkowe kody CPV:




II.6) Całkowita wartość zamówienia
(jeżeli zamawiający podaje informacje o wartości zamówienia):
Wartość bez VAT:
Waluta:
PLN
(w przypadku umów ramowych lub dynamicznego systemu zakupów – szacunkowa całkowita maksymalna wartość w całym okresie obowiązywania umowy ramowej lub dynamicznego systemu zakupów)


II.7) Czy przewiduje się udzielenie zamówień, o których mowa w art. 67 ust. 1 pkt 6 i 7 lub w art. 134 ust. 6 pkt 3 ustawy Pzp:
Tak
Określenie przedmiotu, wielkości lub zakresu oraz warunków na jakich zostaną udzielone zamówienia, o których mowa w art. 67 ust. 1 pkt 6 lub w art. 134 ust. 6 pkt 3 ustawy Pzp: Zamawiający przewiduje możliwości udzielenia zamówień, o których mowa w art. 67 ust. 1 pkt. 6 w zakresie do 20% wartości zamówienia podstawowego.

II.8) Okres, w którym realizowane będzie zamówienie lub okres, na który została zawarta umowa ramowa lub okres, na który został ustanowiony dynamiczny system zakupów:

miesiącach:    lub
dniach:

lub

data rozpoczęcia:
  lub
zakończenia:
2019-12-31
Okres w miesiącachOkres w dniachData rozpoczęciaData zakończenia
2019-12-31


II.9) Informacje dodatkowe:
Próbki dostarczane będą sukcesywnie partiami w trakcie trwania umowy.
SEKCJA III: INFORMACJE O CHARAKTERZE PRAWNYM, EKONOMICZNYM, FINANSOWYM I TECHNICZNYM

III.1) WARUNKI UDZIAŁU W POSTĘPOWANIU


III.1.1) Kompetencje lub uprawnienia do prowadzenia określonej działalności zawodowej, o ile wynika to z odrębnych przepisów

Określenie warunków: W zakresie posiadania kompetencji lub uprawnień do wykonywania określonej działalności zawodowej wymaganej przepisami prawa – Zamawiający nie stawia wymagań w tym zakresie. Warunek zostanie spełniony poprzez złożenie oświadczenia o spełnieniu warunków udziału w postępowaniu.
Informacje dodatkowe

III.1.2) Sytuacja finansowa lub ekonomiczna

Określenie warunków: W zakresie sytuacji ekonomicznej lub finansowej - Zamawiający nie stawia wymagań w tym zakresie. Warunek zostanie spełniony poprzez złożenie oświadczenia o spełnieniu warunków udziału w postępowaniu.
Informacje dodatkowe

III.1.3) Zdolność techniczna lub zawodowa

Określenie warunków: Warunki udziału w zakresie zdolności technicznej lub zawodowej - Zamawiający uzna powyższy warunek za spełniony, jeśli Wykonawca wykaże, że w okresie pięciu lat przed upływem terminu składania ofert, a jeżeli okres prowadzenia jest krótszy – w tym okresie, wykonał co najmniej dwie, potwierdzone referencjami należytego wykonania usługi tożsame z zamawianą w niniejszym postępowaniu oraz że posiada certyfikat organizacji kontroli jakości (np. European Molecular Quality Network) potwierdzający najwyższą jakość oferowanych badań.
Zamawiający wymaga od wykonawców wskazania w ofercie lub we wniosku o dopuszczenie do udziału w postępowaniu imion i nazwisk osób wykonujących czynności przy realizacji zamówienia wraz z informacją o kwalifikacjach zawodowych lub doświadczeniu tych osób: Nie
Informacje dodatkowe:

III.2) PODSTAWY WYKLUCZENIA


III.2.1) Podstawy wykluczenia określone w art. 24 ust. 1 ustawy Pzp


III.2.2) Zamawiający przewiduje wykluczenie wykonawcy na podstawie art. 24 ust. 5 ustawy Pzp
Tak Zamawiający przewiduje następujące fakultatywne podstawy wykluczenia: Tak (podstawa wykluczenia określona w art. 24 ust. 5 pkt 1 ustawy Pzp)
Tak (podstawa wykluczenia określona w art. 24 ust. 5 pkt 2 ustawy Pzp)

Tak (podstawa wykluczenia określona w art. 24 ust. 5 pkt 4 ustawy Pzp)



Tak (podstawa wykluczenia określona w art. 24 ust. 5 pkt 8 ustawy Pzp)

III.3) WYKAZ OŚWIADCZEŃ SKŁADANYCH PRZEZ WYKONAWCĘ W CELU WSTĘPNEGO POTWIERDZENIA, ŻE NIE PODLEGA ON WYKLUCZENIU ORAZ SPEŁNIA WARUNKI UDZIAŁU W POSTĘPOWANIU ORAZ SPEŁNIA KRYTERIA SELEKCJI


Oświadczenie o niepodleganiu wykluczeniu oraz spełnianiu warunków udziału w postępowaniu

Tak

Oświadczenie o spełnianiu kryteriów selekcji

Nie

III.4) WYKAZ OŚWIADCZEŃ LUB DOKUMENTÓW , SKŁADANYCH PRZEZ WYKONAWCĘ W POSTĘPOWANIU NA WEZWANIE ZAMAWIAJACEGO W CELU POTWIERDZENIA OKOLICZNOŚCI, O KTÓRYCH MOWA W ART. 25 UST. 1 PKT 3 USTAWY PZP:

Oświadczenie o niepodleganiu wykluczeniu załącznik nr 1 do SIWZ

III.5) WYKAZ OŚWIADCZEŃ LUB DOKUMENTÓW SKŁADANYCH PRZEZ WYKONAWCĘ W POSTĘPOWANIU NA WEZWANIE ZAMAWIAJACEGO W CELU POTWIERDZENIA OKOLICZNOŚCI, O KTÓRYCH MOWA W ART. 25 UST. 1 PKT 1 USTAWY PZP


III.5.1) W ZAKRESIE SPEŁNIANIA WARUNKÓW UDZIAŁU W POSTĘPOWANIU:

- W zakresie posiadania kompetencji lub uprawnień do wykonywania określonej działalności zawodowej wymaganej przepisami prawa – Zamawiający nie stawia wymagań w tym zakresie. - Warunek zostanie spełniony poprzez złożenie oświadczenia o spełnieniu warunków udziału w postępowaniu. -W zakresie sytuacji ekonomicznej lub finansowej - Zamawiający nie stawia wymagań w tym zakresie. Warunek zostanie spełniony poprzez złożenie oświadczenia o spełnieniu warunków udziału w postępowaniu. -Warunki udziału w zakresie zdolności technicznej lub zawodowej - Zamawiający uzna powyższy warunek za spełniony, jeśli Wykonawca wykaże, że w okresie pięciu lat przed upływem terminu składania ofert, a jeżeli okres prowadzenia jest krótszy – w tym okresie, wykonał co najmniej dwie, potwierdzone referencjami należytego wykonania usługi tożsame z zamawianą w niniejszym postępowaniu oraz że posiada certyfikat organizacji kontroli jakości (np. European Molecular Quality Network) potwierdzający najwyższą jakość oferowanych badań (załącznik nr 3 do SIWZ).

III.5.2) W ZAKRESIE KRYTERIÓW SELEKCJI:

nie dotyczy

III.6) WYKAZ OŚWIADCZEŃ LUB DOKUMENTÓW SKŁADANYCH PRZEZ WYKONAWCĘ W POSTĘPOWANIU NA WEZWANIE ZAMAWIAJACEGO W CELU POTWIERDZENIA OKOLICZNOŚCI, O KTÓRYCH MOWA W ART. 25 UST. 1 PKT 2 USTAWY PZP

nie dotyczy

III.7) INNE DOKUMENTY NIE WYMIENIONE W pkt III.3) - III.6)
Zamawiający przed udzieleniem zamówienia, wezwie Wykonawcę, którego oferta została najwyżej oceniona, do złożenia w terminie nie krótszym niż 5 dni, aktualnych na dzień złożenia oświadczeń i dokumentów: 3.1. Wykaz usługi analizy metagenomowej DNA wykonanych w okresie ostatnich pięciu lat przed upływem terminu składania ofert, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy - w tym okresie, wraz z podaniem ich rodzaju, wartości, daty i i podmiotów, na rzecz których usługi te zostały wykonane, oraz kserokopię posiadanego certyfikatu jakości, z załączeniem dowodów określających czy usługi zostały wykonane należycie, przy czym dowodami, o których mowa, są referencje bądź inne dokumenty wystawione przez podmiot, na rzecz którego usługi były wykonywane, a jeżeli z uzasadnionej przyczyny o obiektywnym charakterze Wykonawca nie jest w stanie uzyskać tych dokumentów – inne dokumenty. Wzór wykazu stanowi załącznik nr 3 do niniejszej SIWZ. 3.2. Odpisu z właściwego rejestru lub z centralnej ewidencji i informacji o działalności gospodarczej, jeżeli odrębne przepisy wymagają wpisu do rejestru lub ewidencji, w celu potwierdzenia braku podstaw do wykluczenia w oparciu o art. 24 ust. 5 pkt. 1 Ustawy Pzp
SEKCJA IV: PROCEDURA

IV.1) OPIS


IV.1.1) Tryb udzielenia zamówienia:
Przetarg nieograniczony

IV.1.2) Zamawiający żąda wniesienia wadium:
Nie
Informacja na temat wadium


IV.1.3) Przewiduje się udzielenie zaliczek na poczet wykonania zamówienia:
Nie
Należy podać informacje na temat udzielania zaliczek:


IV.1.4) Wymaga się złożenia ofert w postaci katalogów elektronicznych lub dołączenia do ofert katalogów elektronicznych:
Nie
Dopuszcza się złożenie ofert w postaci katalogów elektronicznych lub dołączenia do ofert katalogów elektronicznych:
Nie
Informacje dodatkowe:


IV.1.5.) Wymaga się złożenia oferty wariantowej:
Nie
Dopuszcza się złożenie oferty wariantowej
Nie
Złożenie oferty wariantowej dopuszcza się tylko z jednoczesnym złożeniem oferty zasadniczej:
Nie


IV.1.6) Przewidywana liczba wykonawców, którzy zostaną zaproszeni do udziału w postępowaniu

(przetarg ograniczony, negocjacje z ogłoszeniem, dialog konkurencyjny, partnerstwo innowacyjne)
Liczba wykonawców  
Przewidywana minimalna liczba wykonawców
Maksymalna liczba wykonawców  
Kryteria selekcji wykonawców:


IV.1.7) Informacje na temat umowy ramowej lub dynamicznego systemu zakupów:
Umowa ramowa będzie zawarta:

Czy przewiduje się ograniczenie liczby uczestników umowy ramowej:

Przewidziana maksymalna liczba uczestników umowy ramowej:

Informacje dodatkowe:

Zamówienie obejmuje ustanowienie dynamicznego systemu zakupów:

Adres strony internetowej, na której będą zamieszczone dodatkowe informacje dotyczące dynamicznego systemu zakupów:

Informacje dodatkowe:

W ramach umowy ramowej/dynamicznego systemu zakupów dopuszcza się złożenie ofert w formie katalogów elektronicznych:

Przewiduje się pobranie ze złożonych katalogów elektronicznych informacji potrzebnych do sporządzenia ofert w ramach umowy ramowej/dynamicznego systemu zakupów:


IV.1.8) Aukcja elektroniczna


Przewidziane jest przeprowadzenie aukcji elektronicznej
(przetarg nieograniczony, przetarg ograniczony, negocjacje z ogłoszeniem) Nie
Należy podać adres strony internetowej, na której aukcja będzie prowadzona:


Należy wskazać elementy, których wartości będą przedmiotem aukcji elektronicznej:


Przewiduje się ograniczenia co do przedstawionych wartości, wynikające z opisu przedmiotu zamówienia:


Należy podać, które informacje zostaną udostępnione wykonawcom w trakcie aukcji elektronicznej oraz jaki będzie termin ich udostępnienia:
Informacje dotyczące przebiegu aukcji elektronicznej:
Jaki jest przewidziany sposób postępowania w toku aukcji elektronicznej i jakie będą warunki, na jakich wykonawcy będą mogli licytować (minimalne wysokości postąpień):
Informacje dotyczące wykorzystywanego sprzętu elektronicznego, rozwiązań i specyfikacji technicznych w zakresie połączeń:
Wymagania dotyczące rejestracji i identyfikacji wykonawców w aukcji elektronicznej:
Informacje o liczbie etapów aukcji elektronicznej i czasie ich trwania:

Czas trwania:

Czy wykonawcy, którzy nie złożyli nowych postąpień, zostaną zakwalifikowani do następnego etapu:
Warunki zamknięcia aukcji elektronicznej:


IV.2) KRYTERIA OCENY OFERT


IV.2.1) Kryteria oceny ofert:


IV.2.2) Kryteria

KryteriaZnaczenie
Cena ofertowa brutto (Kc) 60,00
Termin realizacji (Kgr)40,00


IV.2.3) Zastosowanie procedury, o której mowa w art. 24aa ust. 1 ustawy Pzp
(przetarg nieograniczony)
Nie

IV.3) Negocjacje z ogłoszeniem, dialog konkurencyjny, partnerstwo innowacyjne


IV.3.1) Informacje na temat negocjacji z ogłoszeniem

Minimalne wymagania, które muszą spełniać wszystkie oferty:

Przewidziane jest zastrzeżenie prawa do udzielenia zamówienia na podstawie ofert wstępnych bez przeprowadzenia negocjacji
Przewidziany jest podział negocjacji na etapy w celu ograniczenia liczby ofert:
Należy podać informacje na temat etapów negocjacji (w tym liczbę etapów):

Informacje dodatkowe



IV.3.2) Informacje na temat dialogu konkurencyjnego

Opis potrzeb i wymagań zamawiającego lub informacja o sposobie uzyskania tego opisu:

Informacja o wysokości nagród dla wykonawców, którzy podczas dialogu konkurencyjnego przedstawili rozwiązania stanowiące podstawę do składania ofert, jeżeli zamawiający przewiduje nagrody:

Wstępny harmonogram postępowania:

Podział dialogu na etapy w celu ograniczenia liczby rozwiązań:
Należy podać informacje na temat etapów dialogu:


Informacje dodatkowe:


IV.3.3) Informacje na temat partnerstwa innowacyjnego

Elementy opisu przedmiotu zamówienia definiujące minimalne wymagania, którym muszą odpowiadać wszystkie oferty:

Podział negocjacji na etapy w celu ograniczeniu liczby ofert podlegających negocjacjom poprzez zastosowanie kryteriów oceny ofert wskazanych w specyfikacji istotnych warunków zamówienia:

Informacje dodatkowe:


IV.4) Licytacja elektroniczna

Adres strony internetowej, na której będzie prowadzona licytacja elektroniczna:
Adres strony internetowej, na której jest dostępny opis przedmiotu zamówienia w licytacji elektronicznej:
Wymagania dotyczące rejestracji i identyfikacji wykonawców w licytacji elektronicznej, w tym wymagania techniczne urządzeń informatycznych:
Sposób postępowania w toku licytacji elektronicznej, w tym określenie minimalnych wysokości postąpień:
Informacje o liczbie etapów licytacji elektronicznej i czasie ich trwania:
Czas trwania:

Wykonawcy, którzy nie złożyli nowych postąpień, zostaną zakwalifikowani do następnego etapu:
Termin składania wniosków o dopuszczenie do udziału w licytacji elektronicznej:
Data: godzina:
Termin otwarcia licytacji elektronicznej:
Termin i warunki zamknięcia licytacji elektronicznej:

Istotne dla stron postanowienia, które zostaną wprowadzone do treści zawieranej umowy w sprawie zamówienia publicznego, albo ogólne warunki umowy, albo wzór umowy:

Wymagania dotyczące zabezpieczenia należytego wykonania umowy:

Informacje dodatkowe:

IV.5) ZMIANA UMOWY


Przewiduje się istotne zmiany postanowień zawartej umowy w stosunku do treści oferty, na podstawie której dokonano wyboru wykonawcy:
Tak
Należy wskazać zakres, charakter zmian oraz warunki wprowadzenia zmian:
1.) wystąpią okoliczności skutkujące potrzebą zmiany terminu realizacji zamówienia takie jak: a) zmiana stanu prawnego w zakresie dotyczącym realizowanej umowy, który spowoduje konieczność zmiany terminu, 2.) zmiany numeru rachunku bankowego Wykonawcy, 3.) udzielenia przez Zamawiającego zamówień o których mowa w art. 67 ust. 1 pkt. 6 i SIWZ

IV.6) INFORMACJE ADMINISTRACYJNE



IV.6.1) Sposób udostępniania informacji o charakterze poufnym
(jeżeli dotyczy):


Środki służące ochronie informacji o charakterze poufnym



IV.6.2) Termin składania ofert lub wniosków o dopuszczenie do udziału w postępowaniu:

Data: 2018-10-26, godzina: 11:00,
Skrócenie terminu składania wniosków, ze względu na pilną potrzebę udzielenia zamówienia (przetarg nieograniczony, przetarg ograniczony, negocjacje z ogłoszeniem):
Nie
Wskazać powody:

Język lub języki, w jakich mogą być sporządzane oferty lub wnioski o dopuszczenie do udziału w postępowaniu
> W języku polskim, z zachowaniem formy pisemnej pod rygorem nieważności.

IV.6.3) Termin związania ofertą:
do: okres w dniach: 30 (od ostatecznego terminu składania ofert)

IV.6.4) Przewiduje się unieważnienie postępowania o udzielenie zamówienia, w przypadku nieprzyznania środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej oraz niepodlegających zwrotowi środków z pomocy udzielonej przez państwa członkowskie Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu (EFTA), które miały być przeznaczone na sfinansowanie całości lub części zamówienia:
Nie

IV.6.5) Przewiduje się unieważnienie postępowania o udzielenie zamówienia, jeżeli środki służące sfinansowaniu zamówień na badania naukowe lub prace rozwojowe, które zamawiający zamierzał przeznaczyć na sfinansowanie całości lub części zamówienia, nie zostały mu przyznane
Nie

IV.6.6) Informacje dodatkowe:

ZAŁĄCZNIK I - INFORMACJE DOTYCZĄCE OFERT CZĘŚCIOWYCH






Rozmiar pliku: 17474 KB
Ogłoszenie nr 500257523-N-2018 z dnia 25-10-2018 r.
Kórnik:
OGŁOSZENIE O ZMIANIE OGŁOSZENIA

OGŁOSZENIE DOTYCZY:
Ogłoszenia o zamówieniu
INFORMACJE O ZMIENIANYM OGŁOSZENIU

Numer:
637883-N-2018

Data:
17/10/2018
SEKCJA I: ZAMAWIAJĄCY
Instytut Dendrologii PAN, Krajowy numer identyfikacyjny 32615000000, ul. ul. Parkowa  5, 62035   Kórnik, woj. wielkopolskie, państwo Polska, tel. 618 170 033, e-mail wjakub@man.poznan.pl, faks 618 170 166.
Adres strony internetowej (url): www.idpan.poznan.pl/bip
SEKCJA II: ZMIANY W OGŁOSZENIU

II.1) Tekst, który należy zmienić:


Miejsce, w którym znajduje się zmieniany tekst:


Numer sekcji:
II

Punkt:
II.4

W ogłoszeniu jest:
Sukcesywne usługi analizy metagenomowej DNA wyizolowanego z próbek glebowych pobranych w środowisku leśnym Zadanie 1. Analiza maksymalnie 45 próbek Zadanie 2. Analiza maksymalnie 180 próbek. Zadanie 3. Analiza maksymalnie 48 próbek Próbki dostarczane będą sukcesywnie partiami w trakcie trwania umowy. W zakres świadczonej usługi dla Zadań 1-3 muszą wchodzić: 1. Przygotowanie bibliotek z wykorzystaniem dostarczonego, wyizolowanego z prób glebowych DNA, na potrzeby sekwencjonowania NGS regionu ITS1 przy pomocy sekwenatora MiSeq (Illumina). 2. Sekwencjonowanie DNA regionu ITS1 (sekwenator MiSeq) z zestawem odczynników umożliwiającym odczyt w trybie sparowanych końców o długości 2x250 nukleotydów. Spodziewana średnia liczba par odczytów na próbkę powinna wynosić 50 000. 3. Podstawowa analiza bioinformatyczna w ramach której uzyskane wyniki zostaną przefiltrowane – rozdzielone na poszczególne próby, usunięte zostaną sekwencje o niskiej jakości, wyodrębnione zostaną jednostki taksonomiczne - OTU (Operational Taxonomic Unit), wykonana zostanie analiza taksonomiczna próbek (w oparciu o bazę UNITE), analiza alfa i beta diversity oraz dostarczone zostaną wyniki liczbowe i graficzne o jakości nadającej się do publikacji naukowych. Podstawowa analiza bioinformatyczna dotyczy wszystkich prób dostarczonych w ramach Zadań 1-3 (Zadanie 1 – 45 prób; Zadanie 2 – 180 prób, Zadanie 3 -48 prób) W ramach analizy bioinformatycznej niezbędne będzie również wykonanie porównań wg poniższego schematu: Zadanie 1. Analiza porównawcza obejmie wszystkie 45 prób. Z1.1 T1 VS Z1.2 T1 VS Z1.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T1) Z2.1 T1 VS Z2.2 T1 VS Z2.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T1) Z3.1 T1 VS Z3.2 T1 VS Z3.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T1) Z4.1 T1 VS Z4.2 T1 VS Z4.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T1) Z5.1 T1 VS Z5.2 T1 VS Z5.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T1) Z1.1 T2 VS Z1.2 T2 VS Z1.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T2) Z2.1 T2 VS Z2.2 T2 VS Z2.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T2) Z3.1 T2 VS Z3.2 T2 VS Z3.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T2) Z4.1 T2 VS Z4.2 T2 VS Z4.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T2) Z5.1 T2 VS Z5.2 T2 VS Z5.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T2) Z1.1 T3 VS Z1.2 T3 VS Z1.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T3) Z2.1 T3 VS Z2.2 T3 VS Z2.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T3) Z3.1 T3 VS Z3.2 T3 VS Z3.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T3) Z4.1 T3 VS Z4.2 T3 VS Z4.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T3) Z5.1 T3 VS Z5.2 T3 VS Z5.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T3) Z1 T1 VS Z2 T1 VS Z3 T1 VS Z4 T1 VS Z5 T1 Z1 T2 VS Z2 T2 VS Z3 T2 VS Z4 T2 VS Z5 T2 Z1 T3 VS Z2 T3 VS Z3 T3 VS Z4 T3 VS Z5 T3 Z1 T1 VS Z1 T2 VS Z5 T3 Z2 T1 VS Z2 T2 VS Z5 T3 Z3 T1 VS Z3 T2 VS Z5 T3 Z4 T1 VS Z4 T2 VS Z5 T3 Z5 T1 VS Z5 T2 VS Z5 T3 Zadanie 2. Analiza porównawcza obejmie 180 prób w dwóch powtórzeniach po 90 30 PORÓWNAŃ: (ST1 G1 +ST1 G2) VS ST1 R1, ………, (ST30 G1 +ST30 G2) VS ST30 R1 plus (ST1 G1 + ST1 G2 + ST1 R1) VS (ST2 G1 + ST2 G2 + ST2 R1) VS ……. VS (ST30 G1 + ST30 G2 + ST30 R1) (ST1 G1 + ST1 G2) VS (ST2 G1 + ST2 G2) VS ……. VS (ST30 G1 + ST30 G2) ST1 R1 VS ST2 R1 VS ……. VS ST30 R1 Zadanie 3 Analiza porównawcza dotyczyć będzie 48 prób w 2 powtórzeniach po 24 próby R.1.1 VS R1.2 VS R1.3 VS R1.4 (po uśrednieniu dalej jako R1) R2.1 VS R2.2 VS R1.3 VS R2.4 (po uśrednieniu dalej jako R2) R3.1 VS R3.2 VS R5.3 VS R3.4 (po uśrednieniu dalej jako R3) G.1.1 VS G1.2 VS G1.3 VS G1.4 (po uśrednieniu dalej jako G1) G2.1 VS G2.2 VS G1.3 VS G2.4 (po uśrednieniu dalej jako G2) G3.1 VS G3.2 VS G5.3 VS G3.4 (po uśrednieniu dalej jako G3) R1 VS G1 R2 VS G2 R3 VS G3 R1 VS R2 VS R3 G1 VS G2 VS G3 4. Próbki dostarczane będą firmą kurierską na koszt Wykonawcy. 5. Czas realizacji całego procesu nie może przekroczyć 70 dni kalendarzowych liczone od dnia dostarczenia próbek do momentu skutecznego przekazania wyników analizy bioinformatycznej. 6. Wykonawca musi prowadzić ewidencję powierzonego materiału, a w sytuacji stwierdzenia braków w przesłanym materiale (np.: brak konkretnej próbki) informuje - Kierownika projektu lub osobę przez niego wyznaczoną o zaistniałej sytuacji w ciągu 12 godzin liczone od momentu obioru przekazanego materiału. 7. Wykonawca zobowiązany jest do przekazania Zamawiającemu wyników w postaci pliku .fastaq oraz zestawienia wyników analizy bioinformatycznej w pliku kompatybilnym z pakietem MS Office w wersji elektronicznej, na podany w umowie adres mailowy Zamawiającego lub poprzez stronę internetową lub ftp Wykonawcy poprzez indywidualne spersonalizowane konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. 8. Wykonawca zobowiązany jest również do dostarczenia w formie elektronicznej (plik kompatybilny z Microsoft Office Word) w języku polskim i języku angielskim kompletu danych dotyczących metodyki oznaczeń. 9. Wskazane ilości prób są wielkościami planowanymi, przyjętymi do celów porównania ofert i wyboru najkorzystniejszej oferty. Wykonawcy, z którym Zamawiający podpisze umowę, nie przysługuje roszczenie o realizację usługi w ww. zakresie. Zamawiający gwarantuje zakup 70% usług. Niewykupienie przez Zamawiającego 30% przedmiotu zamówienia nie może stanowić podstawy do roszczeń odszkodowawczych ze strony Wykonawcy z tytułu niezrealizowania warunków zamówienia. 10. Zamawiający w trakcie realizacji umowy może dokonać przesunięć w liczbie prób pomiędzy zadaniami wg bieżących potrzeb, przy niezmiennej wartości umowy.

W ogłoszeniu powinno być:
Sukcesywne usługi analizy metagenomowej DNA wyizolowanego z próbek glebowych pobranych w środowisku leśnym Zadanie 1. Analiza maksymalnie 45 próbek Zadanie 2. Analiza maksymalnie 180 próbek. Zadanie 3. Analiza maksymalnie 48 próbek Próbki dostarczane będą sukcesywnie partiami w trakcie trwania umowy. W zakres świadczonej usługi dla Zadań 1-3 muszą wchodzić: 1. Przygotowanie bibliotek z wykorzystaniem dostarczonego, wyizolowanego z prób glebowych DNA, na potrzeby sekwencjonowania NGS regionu ITS1 przy pomocy sekwenatora MiSeq (Illumina). 2. Sekwencjonowanie DNA regionu ITS1 (sekwenator MiSeq) z zestawem odczynników umożliwiającym odczyt w trybie sparowanych końców o długości 2x250 lub 2x300 nukleotydów. Spodziewana średnia liczba par odczytów na próbkę powinna wynosić 50 000. 3. Podstawowa analiza bioinformatyczna w ramach której uzyskane wyniki zostaną przefiltrowane – rozdzielone na poszczególne próby, usunięte zostaną sekwencje o niskiej jakości, wyodrębnione zostaną jednostki taksonomiczne - OTU (Operational Taxonomic Unit), wykonana zostanie analiza taksonomiczna próbek (w oparciu o bazę UNITE), analiza alfa i beta diversity oraz dostarczone zostaną wyniki liczbowe i graficzne o jakości nadającej się do publikacji naukowych. Podstawowa analiza bioinformatyczna dotyczy wszystkich prób dostarczonych w ramach Zadań 1-3 (Zadanie 1 – 45 prób; Zadanie 2 – 180 prób, Zadanie 3 -48 prób) W ramach analizy bioinformatycznej niezbędne będzie również wykonanie porównań wg poniższego schematu: Zadanie 1. Analiza porównawcza obejmie wszystkie 45 prób. Z1.1 T1 VS Z1.2 T1 VS Z1.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T1) Z2.1 T1 VS Z2.2 T1 VS Z2.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T1) Z3.1 T1 VS Z3.2 T1 VS Z3.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T1) Z4.1 T1 VS Z4.2 T1 VS Z4.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T1) Z5.1 T1 VS Z5.2 T1 VS Z5.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T1) Z1.1 T2 VS Z1.2 T2 VS Z1.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T2) Z2.1 T2 VS Z2.2 T2 VS Z2.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T2) Z3.1 T2 VS Z3.2 T2 VS Z3.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T2) Z4.1 T2 VS Z4.2 T2 VS Z4.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T2) Z5.1 T2 VS Z5.2 T2 VS Z5.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T2) Z1.1 T3 VS Z1.2 T3 VS Z1.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T3) Z2.1 T3 VS Z2.2 T3 VS Z2.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T3) Z3.1 T3 VS Z3.2 T3 VS Z3.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T3) Z4.1 T3 VS Z4.2 T3 VS Z4.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T3) Z5.1 T3 VS Z5.2 T3 VS Z5.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T3) Z1 T1 VS Z2 T1 VS Z3 T1 VS Z4 T1 VS Z5 T1 Z1 T2 VS Z2 T2 VS Z3 T2 VS Z4 T2 VS Z5 T2 Z1 T3 VS Z2 T3 VS Z3 T3 VS Z4 T3 VS Z5 T3 Z1 T1 VS Z1 T2 VS Z5 T3 Z2 T1 VS Z2 T2 VS Z5 T3 Z3 T1 VS Z3 T2 VS Z5 T3 Z4 T1 VS Z4 T2 VS Z5 T3 Z5 T1 VS Z5 T2 VS Z5 T3 Zadanie 2. Analiza porównawcza obejmie 180 prób w dwóch powtórzeniach po 90 30 PORÓWNAŃ: (ST1 G1 +ST1 G2) VS ST1 R1, ………, (ST30 G1 +ST30 G2) VS ST30 R1 plus (ST1 G1 + ST1 G2 + ST1 R1) VS (ST2 G1 + ST2 G2 + ST2 R1) VS ……. VS (ST30 G1 + ST30 G2 + ST30 R1) (ST1 G1 + ST1 G2) VS (ST2 G1 + ST2 G2) VS ……. VS (ST30 G1 + ST30 G2) ST1 R1 VS ST2 R1 VS ……. VS ST30 R1 Zadanie 3 Analiza porównawcza dotyczyć będzie 48 prób w 2 powtórzeniach po 24 próby R.1.1 VS R1.2 VS R1.3 VS R1.4 (po uśrednieniu dalej jako R1) R2.1 VS R2.2 VS R1.3 VS R2.4 (po uśrednieniu dalej jako R2) R3.1 VS R3.2 VS R5.3 VS R3.4 (po uśrednieniu dalej jako R3) G.1.1 VS G1.2 VS G1.3 VS G1.4 (po uśrednieniu dalej jako G1) G2.1 VS G2.2 VS G1.3 VS G2.4 (po uśrednieniu dalej jako G2) G3.1 VS G3.2 VS G5.3 VS G3.4 (po uśrednieniu dalej jako G3) R1 VS G1 R2 VS G2 R3 VS G3 R1 VS R2 VS R3 G1 VS G2 VS G3 4. Próbki dostarczane będą firmą kurierską na koszt Wykonawcy. 5. Czas realizacji całego procesu nie może przekroczyć 70 dni kalendarzowych liczone od dnia dostarczenia próbek do momentu skutecznego przekazania wyników analizy bioinformatycznej. 6. Wykonawca musi prowadzić ewidencję powierzonego materiału, a w sytuacji stwierdzenia braków w przesłanym materiale (np.: brak konkretnej próbki) informuje - Kierownika projektu lub osobę przez niego wyznaczoną o zaistniałej sytuacji w ciągu 12 godzin liczone od momentu obioru przekazanego materiału. 7. Wykonawca zobowiązany jest do przekazania Zamawiającemu wyników w postaci pliku .fastaq oraz zestawienia wyników analizy bioinformatycznej w pliku kompatybilnym z pakietem MS Office w wersji elektronicznej, na podany w umowie adres mailowy Zamawiającego lub poprzez stronę internetową lub ftp Wykonawcy poprzez indywidualne spersonalizowane konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. 8. Wykonawca zobowiązany jest również do dostarczenia w formie elektronicznej (plik kompatybilny z Microsoft Office Word) w języku polskim i języku angielskim kompletu danych dotyczących metodyki oznaczeń. 9. Wskazane ilości prób są wielkościami planowanymi, przyjętymi do celów porównania ofert i wyboru najkorzystniejszej oferty. Wykonawcy, z którym Zamawiający podpisze umowę, nie przysługuje roszczenie o realizację usługi w ww. zakresie. Zamawiający gwarantuje zakup 70% usług. Niewykupienie przez Zamawiającego 30% przedmiotu zamówienia nie może stanowić podstawy do roszczeń odszkodowawczych ze strony Wykonawcy z tytułu niezrealizowania warunków zamówienia. 10. Zamawiający w trakcie realizacji umowy może dokonać przesunięć w liczbie prób pomiędzy zadaniami wg bieżących potrzeb, przy niezmiennej wartości umowy.


Miejsce, w którym znajduje się zmieniany tekst:


Numer sekcji:
IV

Punkt:
IV.6.2

W ogłoszeniu jest:
Termin składania ofert lub wniosków o dopuszczenie do udziału w postępowaniu: Data: 2018-10-26, godzina: 11:00, Skrócenie terminu składania wniosków, ze względu na pilną potrzebę udzielenia zamówienia (przetarg nieograniczony, przetarg ograniczony, negocjacje z ogłoszeniem): Nie Wskazać powody: Język lub języki, w jakich mogą być sporządzane oferty lub wnioski o dopuszczenie do udziału w postępowaniu > W języku polskim, z zachowaniem formy pisemnej pod rygorem nieważności.

W ogłoszeniu powinno być:
Termin składania ofert lub wniosków o dopuszczenie do udziału w postępowaniu: Data: 2018-10-29, godzina: 11:00, Skrócenie terminu składania wniosków, ze względu na pilną potrzebę udzielenia zamówienia (przetarg nieograniczony, przetarg ograniczony, negocjacje z ogłoszeniem): Nie Wskazać powody: Język lub języki, w jakich mogą być sporządzane oferty lub wnioski o dopuszczenie do udziału w postępowaniu > W języku polskim, z zachowaniem formy pisemnej pod rygorem nieważności.

 
Gość
Zamawiający
Ogłoszenie nr 500299233-N-2018 z dnia 13-12-2018 r.
Instytut Dendrologii PAN: Sukcesywnye usługi analizy metagenomowej DNA wyizolowanego z próbek glebowych pobranych w środowisku leśnym

OGŁOSZENIE O UDZIELENIU ZAMÓWIENIA - Usługi

Zamieszczanie ogłoszenia:
obowiązkowe

Ogłoszenie dotyczy:
zamówienia publicznego

Zamówienie dotyczy projektu lub programu współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej

nie

Zamówienie było przedmiotem ogłoszenia w Biuletynie Zamówień Publicznych:
tak
Numer ogłoszenia: 637883-N-2018

Ogłoszenie o zmianie ogłoszenia zostało zamieszczone w Biuletynie Zamówień Publicznych:
tak
Numer ogłoszenia: 500257523-N-2018

SEKCJA I: ZAMAWIAJĄCY


I. 1) NAZWA I ADRES:
Instytut Dendrologii PAN, Krajowy numer identyfikacyjny 32615000000, ul. ul. Parkowa  5, 62035   Kórnik, woj. wielkopolskie, państwo Polska, tel. 618 170 033, e-mail wjakub@man.poznan.pl, faks 618 170 166.
Adres strony internetowej (url): http://www.idpan.poznan.pl/bip

I.2) RODZAJ ZAMAWIAJĄCEGO:
Inny: Nauka
SEKCJA II: PRZEDMIOT ZAMÓWIENIA

II.1) Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego:

Sukcesywnye usługi analizy metagenomowej DNA wyizolowanego z próbek glebowych pobranych w środowisku leśnym

II.2) Rodzaj zamówienia:

Usługi

II.3) Krótki opis przedmiotu zamówienia
(wielkość, zakres, rodzaj i ilość dostaw, usług lub robót budowlanych lub określenie zapotrzebowania i wymagań )
a w przypadku partnerstwa innowacyjnego - określenie zapotrzebowania na innowacyjny produkt, usługę lub roboty budowlane:

Sukcesywne usługi analizy metagenomowej DNA wyizolowanego z próbek glebowych pobranych w środowisku leśnym Zadanie 1. Analiza maksymalnie 45 próbek Zadanie 2. Analiza maksymalnie 180 próbek. Zadanie 3. Analiza maksymalnie 48 próbek Próbki dostarczane będą sukcesywnie partiami w trakcie trwania umowy. W zakres świadczonej usługi dla Zadań 1-3 muszą wchodzić: 1. Przygotowanie bibliotek z wykorzystaniem dostarczonego, wyizolowanego z prób glebowych DNA, na potrzeby sekwencjonowania NGS regionu ITS1 przy pomocy sekwenatora MiSeq (Illumina). 2. Sekwencjonowanie DNA regionu ITS1 (sekwenator MiSeq) z zestawem odczynników umożliwiającym odczyt w trybie sparowanych końców o długości 2x250 nukleotydów. Spodziewana średnia liczba par odczytów na próbkę powinna wynosić 50 000. 3. Podstawowa analiza bioinformatyczna w ramach której uzyskane wyniki zostaną przefiltrowane – rozdzielone na poszczególne próby, usunięte zostaną sekwencje o niskiej jakości, wyodrębnione zostaną jednostki taksonomiczne - OTU (Operational Taxonomic Unit), wykonana zostanie analiza taksonomiczna próbek (w oparciu o bazę UNITE), analiza alfa i beta diversity oraz dostarczone zostaną wyniki liczbowe i graficzne o jakości nadającej się do publikacji naukowych. Podstawowa analiza bioinformatyczna dotyczy wszystkich prób dostarczonych w ramach Zadań 1-3 (Zadanie 1 – 45 prób; Zadanie 2 – 180 prób, Zadanie 3 -48 prób) W ramach analizy bioinformatycznej niezbędne będzie również wykonanie porównań wg poniższego schematu: Zadanie 1. Analiza porównawcza obejmie wszystkie 45 prób. Z1.1 T1 VS Z1.2 T1 VS Z1.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T1) Z2.1 T1 VS Z2.2 T1 VS Z2.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T1) Z3.1 T1 VS Z3.2 T1 VS Z3.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T1) Z4.1 T1 VS Z4.2 T1 VS Z4.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T1) Z5.1 T1 VS Z5.2 T1 VS Z5.3 T1 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T1) Z1.1 T2 VS Z1.2 T2 VS Z1.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T2) Z2.1 T2 VS Z2.2 T2 VS Z2.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T2) Z3.1 T2 VS Z3.2 T2 VS Z3.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T2) Z4.1 T2 VS Z4.2 T2 VS Z4.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T2) Z5.1 T2 VS Z5.2 T2 VS Z5.3 T2 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T2) Z1.1 T3 VS Z1.2 T3 VS Z1.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z1 T3) Z2.1 T3 VS Z2.2 T3 VS Z2.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z2 T3) Z3.1 T3 VS Z3.2 T3 VS Z3.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z3 T3) Z4.1 T3 VS Z4.2 T3 VS Z4.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z4 T3) Z5.1 T3 VS Z5.2 T3 VS Z5.3 T3 (po uśrednieniu dalej jako Z5 T3) Z1 T1 VS Z2 T1 VS Z3 T1 VS Z4 T1 VS Z5 T1 Z1 T2 VS Z2 T2 VS Z3 T2 VS Z4 T2 VS Z5 T2 Z1 T3 VS Z2 T3 VS Z3 T3 VS Z4 T3 VS Z5 T3 Z1 T1 VS Z1 T2 VS Z5 T3 Z2 T1 VS Z2 T2 VS Z5 T3 Z3 T1 VS Z3 T2 VS Z5 T3 Z4 T1 VS Z4 T2 VS Z5 T3 Z5 T1 VS Z5 T2 VS Z5 T3 Zadanie 2. Analiza porównawcza obejmie 180 prób w dwóch powtórzeniach po 90 30 PORÓWNAŃ: (ST1 G1 +ST1 G2) VS ST1 R1, ………, (ST30 G1 +ST30 G2) VS ST30 R1 plus (ST1 G1 + ST1 G2 + ST1 R1) VS (ST2 G1 + ST2 G2 + ST2 R1) VS ……. VS (ST30 G1 + ST30 G2 + ST30 R1) (ST1 G1 + ST1 G2) VS (ST2 G1 + ST2 G2) VS ……. VS (ST30 G1 + ST30 G2) ST1 R1 VS ST2 R1 VS ……. VS ST30 R1 Zadanie 3 Analiza porównawcza dotyczyć będzie 48 prób w 2 powtórzeniach po 24 próby R.1.1 VS R1.2 VS R1.3 VS R1.4 (po uśrednieniu dalej jako R1) R2.1 VS R2.2 VS R1.3 VS R2.4 (po uśrednieniu dalej jako R2) R3.1 VS R3.2 VS R5.3 VS R3.4 (po uśrednieniu dalej jako R3) G.1.1 VS G1.2 VS G1.3 VS G1.4 (po uśrednieniu dalej jako G1) G2.1 VS G2.2 VS G1.3 VS G2.4 (po uśrednieniu dalej jako G2) G3.1 VS G3.2 VS G5.3 VS G3.4 (po uśrednieniu dalej jako G3) R1 VS G1 R2 VS G2 R3 VS G3 R1 VS R2 VS R3 G1 VS G2 VS G3 4. Próbki dostarczane będą firmą kurierską na koszt Wykonawcy. 5. Czas realizacji całego procesu nie może przekroczyć 70 dni kalendarzowych liczone od dnia dostarczenia próbek do momentu skutecznego przekazania wyników analizy bioinformatycznej. 6. Wykonawca musi prowadzić ewidencję powierzonego materiału, a w sytuacji stwierdzenia braków w przesłanym materiale (np.: brak konkretnej próbki) informuje - Kierownika projektu lub osobę przez niego wyznaczoną o zaistniałej sytuacji w ciągu 12 godzin liczone od momentu obioru przekazanego materiału. 7. Wykonawca zobowiązany jest do przekazania Zamawiającemu wyników w postaci pliku .fastaq oraz zestawienia wyników analizy bioinformatycznej w pliku kompatybilnym z pakietem MS Office w wersji elektronicznej, na podany w umowie adres mailowy Zamawiającego lub poprzez stronę internetową lub ftp Wykonawcy poprzez indywidualne spersonalizowane konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. 8. Wykonawca zobowiązany jest również do dostarczenia w formie elektronicznej (plik kompatybilny z Microsoft Office Word) w języku polskim i języku angielskim kompletu danych dotyczących metodyki oznaczeń. 9. Wskazane ilości prób są wielkościami planowanymi, przyjętymi do celów porównania ofert i wyboru najkorzystniejszej oferty. Wykonawcy, z którym Zamawiający podpisze umowę, nie przysługuje roszczenie o realizację usługi w ww. zakresie. Zamawiający gwarantuje zakup 70% usług. Niewykupienie przez Zamawiającego 30% przedmiotu zamówienia nie może stanowić podstawy do roszczeń odszkodowawczych ze strony Wykonawcy z tytułu niezrealizowania warunków zamówienia. 10. Zamawiający w trakcie realizacji umowy może dokonać przesunięć w liczbie prób pomiędzy zadaniami wg bieżących potrzeb, przy niezmiennej wartości umowy.

II.4) Informacja o częściach zamówienia:


Zamówienie było podzielone na części:

nie

II.5) Główny Kod CPV:
73111000-3

SEKCJA III: PROCEDURA

III.1) TRYB UDZIELENIA ZAMÓWIENIA

Przetarg nieograniczony

III.2) Ogłoszenie dotyczy zakończenia dynamicznego systemu zakupów

nie

III.3) Informacje dodatkowe:

SEKCJA IV: UDZIELENIE ZAMÓWIENIA

IV.1) DATA UDZIELENIA ZAMÓWIENIA:
14/11/2018

IV.2) Całkowita wartość zamówienia

Wartość bez VAT
131031.75

Waluta
PLN

IV.3) INFORMACJE O OFERTACH
Liczba otrzymanych ofert:  1
w tym:
liczba otrzymanych ofert od małych i średnich przedsiębiorstw:  1
liczba otrzymanych ofert od wykonawców z innych państw członkowskich Unii Europejskiej:  0
liczba otrzymanych ofert od wykonawców z państw niebędących członkami Unii Europejskiej:  0
liczba ofert otrzymanych drogą elektroniczną:  0

IV.4) LICZBA ODRZUCONYCH OFERT:
0

IV.5) NAZWA I ADRES WYKONAWCY, KTÓREMU UDZIELONO ZAMÓWIENIA
Zamówienie zostało udzielone wykonawcom wspólnie ubiegającym się o udzielenie:
nie

Nazwa wykonawcy: Genomed S.A.
Email wykonawcy: info@genomed.pl
Adres pocztowy: {Dane ukryte}
Kod pocztowy: 02-971
Miejscowość: Warszawa
Kraj/woj.: mazowieckie

Wykonawca jest małym/średnim przedsiębiorcą:
tak
Wykonawca pochodzi z innego państwa członkowskiego Unii Europejskiej:
nie
Wykonawca pochodzi z innego państwa nie będącego członkiem Unii Europejskiej:
nie

IV.6) INFORMACJA O CENIE WYBRANEJ OFERTY/ WARTOŚCI ZAWARTEJ UMOWY ORAZ O OFERTACH Z NAJNIŻSZĄ I NAJWYŻSZĄ CENĄ/KOSZTEM


Cena wybranej oferty/wartość umowy
131031.75
Oferta z najniższą ceną/kosztem 131031.75
Oferta z najwyższą ceną/kosztem 131031.75
Waluta: PLN

IV.7) Informacje na temat podwykonawstwa

Wykonawca przewiduje powierzenie wykonania części zamówienia podwykonawcy/podwykonawcom
nie

Wartość lub procentowa część zamówienia, jaka zostanie powierzona podwykonawcy lub podwykonawcom:

IV.8) Informacje dodatkowe:


IV.9) UZASADNIENIE UDZIELENIA ZAMÓWIENIA W TRYBIE NEGOCJACJI BEZ OGŁOSZENIA, ZAMÓWIENIA Z WOLNEJ RĘKI ALBO ZAPYTANIA O CENĘ


IV.9.1) Podstawa prawna

Postępowanie prowadzone jest w trybie   na podstawie art.  ustawy Pzp.

IV.9.2) Uzasadnienie wyboru trybu

Należy podać uzasadnienie faktyczne i prawne wyboru trybu oraz wyjaśnić, dlaczego udzielenie zamówienia jest zgodne z przepisami.
 
Copyright © 2010 Urząd Zamówień Publicznych

Instytut Dendrologii PAN

Adres: ul. Parkowa 5, 62-035 Kórnik
woj. wielkopolskie
Dane kontaktowe: email: idadmin@man.poznan.pl,
tel: 618 170 033,
fax: 618 170 166
Termin składania wniosków lub ofert:
2018-10-25
Dane postępowania
ID postępowania BZP/TED: 637883-N-2018
ID postępowania Zamawiającego:
Data publikacji zamówienia: 2018-10-16
Rodzaj zamówienia: usługi
Tryb& postępowania [PN]: Przetarg nieograniczony
Czas na realizację: 431 dni
Wadium: -
Oferty uzupełniające: TAK
Oferty częściowe: NIE
Oferty wariantowe: NIE
Przewidywana licyctacja: NIE
Ilość części: 1
Kryterium ceny: 60%
WWW ogłoszenia: www.idpan.poznan.pl
Informacja dostępna pod: www.idpan.poznan.pl/bip
Okres związania ofertą: 29 dni
Kody CPV
73111000-3 Laboratoryjne usługi badawcze
Wyniki
Nazwa części Wykonawca Data udzielenia Wartość
Sukcesywnye usługi analizy metagenomowej DNA wyizolowanego z próbek glebowych pobranych w środowisku leśnym Genomed S.A.
Warszawa		 2018-11-13 131 031,00
ukryj