Sukcesywne wykonywanie i dostarczanie analiz metagenomicznych 186 próbek DNA w latach 2019-2021

Opis przedmiotu przetargu: 1. Przedmiotem zamówienia jest Sukcesywne wykonywanie i dostarczanie analiz metagenomicznych 186 próbek DNA w latach 2019-2021 2. Zakres zamówienia obejmuje usługę wykonywania i dostarczania analiz metagenomicznych 186 próbek DNA w latach: 2019 – 90 próbek DNA 2020-2021 - 96 próbek DNA (60 próbek w roku 2020 - 36 próbek w roku 2021) - Zamawiający może zmniejszyć lub zwiększyć ilość próbek w poszczególnych latach , przy czym ogólna suma próbek w latach 2020-2021 nie może być mniejsza niż 96. 3. CPV: 73111000-3 – Laboratoryjne usługi badawcze 4. Szczegółowy opis przedmiotu zamówienia stanowi Załącznik nr 1 do SIWZ – Opis przedmiotu zamówienia/Formularz cenowy do SIWZ. 5. Wymagania dotyczące przedmiotu zamówienia: Sukcesywne wykonywanie i dostarczanie analiz metagenomicznych 186 próbek DNA, które zostaną dostarczone w trzech partiach: • 90 próbek DNA – w 2019 roku • 96 próbek DNA (60 próbek w roku 2020 + 36 próbek w roku 2021) - Zamawiający może zmniejszyć lub zwiększyć ilość próbek w poszczególnych latach , przy czym ogólna suma próbek w latach 2020-2021 nie może być mniejsza niż 96. Usługa musi obejmować amplifikację i sekwencjonowanie amplikonów obejmujących fragment V3-V4 (lub V4) genu 16S rRNA umożliwiającego analizę grup taksonomicznych zarówno Bacteria jak i Archea oraz fragment ITS1 umożliwiający analizę grup taksonomicznych grzybów. Szczegóły analizy: 1. Amplikony muszą zostać przygotowane na próbkach wyizolowanego DNA metodą PCR. Cena musi uwzględniać przygotowanie bibliotek 16S do analizy. Cena musi uwzględniać przygotowanie bibliotek ITS1 do analizy. 2. Sekwencjonowanie musi zostać przeprowadzone z wykorzystaniem urządzenia MiSeq w technologii illumina w trybie sparowanych końców w dwóch odczytach po 250 zasad. 3. Cena musi uwzględniać także analizę bioinformatyczną obejmującą filtrowanie odczytów oraz analizę składu próbki dla poszczególnych kategorii taksonomicznych na podstawie homologii do baz danych wraz z opracowaniem wykresów, przygotowanie drzew filogenetycznych, wykresów alfa i beta diversity i wyliczenie wskaźników bioróżnorodności, a także przygotowanie plików umożliwiających analizę z wykorzystaniem programów FUNGuild, MGRAST, PICRUSt. Analizy muszą zostać przeprowadzone zgodnie ze wskazaniami Zamawiającego na danych pełnych i filtrowanych (wskazanych przez Zamawiającego).