usługa sekwencjonowania genomowego miRNA

Opis przedmiotu przetargu: Przedmiotem usługi jest otrzymanie sekwencji mRNA z 10 próbek śledziony kury (Gallus gallus) 1. Usługa składa się z dwóch integralnych części: przygotowania bibliotek z powierzonego RNA całkowitego oraz sekwencjonowania na platformie Illumina HiSeq 2500 rapid run Mode 2. Biblioteki kierunkowe przygotowane będą przez dostawcę z RNA całkowitego dostarczonego przez zamawiającego przy użyciu oryginalnego zestawu odczynników TruSeq smallRNA. 3. Koszty transportu próbek transportem lotniczym ponosi wykonawca. 4. Wykonawca dopuszcza do wysyłki próbek przy uzyciu probówek stabilizujących RNA. Alternatywnie przy uzyciu suchego lodu do 10kg masy całkowitej przesyłki. 5. Akceptowalnym materiałem wejściowym jest RNA całkowite w ilości nie mniejszej niż 3 µg wartości RIN równej lub większej 7.0 i rRNA ratio >1.0. 6. Wykonawca dokona sprawdzenia i weryfikacji wymaganych parametrów wejściowego materiału przy użyciu Bioanalyzera 2100 lub TapeStation 7. W przypadku negatywnej weryfikacji jakości próbki/próbek, wykonawca zezwala na jednokrotne dostarczenie dodatkowego materiału na swój koszt. 8. Sekwencjonowanie przeprowadzone zostanie na platformie Illuminy 2500, w trybie odczytów pojedynczych (single read format) z długością odczytów wynoszącą 50 par zasad. 9. Sekwencjonowanie obejmuje odczyt sekwencji 10 próbek z ilością danych >10 mln odczytów na próbkę. ` 10. Przynajmniej 85% zsekwencjonowanych par zasad powinno mieć jakość Q30 lub więcej. 11. Wynikom eksperymentu towarzyszyć będzie raport podsumowujący zawierający m.in.: a. Informacje na temat metody i procedury eksperymentalnej b. Informacje odnośnie analizy danych c. Zbiorcze podsumowanie eksperymentu (informacje dotyczące próbek, samego przebiegu oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek). 12. Otrzymane dane surowe poddane będą wstępnej obróbce bioinformatycznej (demultipleksingowi i usuwaniu sekwencji adapterowych) przez wykonawcę. 13. Po zakończeniu eksperymentu, dane surowe w formacie FASTQ będą udostępnione zamawiającemu poprzez dedykowany serwer FTP lub poprzez jakikolwiek inny protokół umożliwiający bezpieczny tryb dostępu. 14. Na żądanie, wykonawca dostarczy dane na nośniku (SSD, HDD, pamięć USB) dostarczonym przez zamawiającego. 15. Czas trwania usługi nie powinien przekroczyć 8 tygodni licząc od momentu pozytywnej weryfikacji próbek pod względem jakościowym i ilościowym. 16. Usługodawca gwarantuje, że wszystkie wygenerowane dane będą nieodwracalnie usunięte po maksymalnie 6 miesiącach. Dane nie będą przechowywane i absolutnie nie będą użyte na potrzeby własnych analiz. 17. W ramach usługi, usługodawca zapewnia spersonalizowany dostęp do systemu zarządzania celem weryfikacji aktualnego statusu eksperymentu. 18. W ramach usługi, zleceniodawca informowany jest na bieżąco o postępach i etapach pracy nad zleconymi próbkami poprzez regularną komunikację z laboratorium. 19. Usługa obejmuje wsparcie techniczne i opiekę techniczną nad użytkownikiem. 20. W ramach usługi, usługodawca nie będzie zlecał poszczególnych etapów eksperymetu (e.g. przygotowania biblioteki, sekwencjonowania itp.) osobnym podwykonawcom.