Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA i transkryptomów oraz syntezy oligonukleotydów

Skierniewice: Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA i transkryptomów oraz syntezy oligonukleotydów


Numer ogłoszenia: 195432 - 2013; data zamieszczenia: 20.05.2013

OGŁOSZENIE O ZAMÓWIENIU - usługi

Zamieszczanie ogłoszenia:
obowiązkowe.

Ogłoszenie dotyczy:
zamówienia publicznego.

SEKCJA I: ZAMAWIAJĄCY

I. 1) NAZWA I ADRES:
Instytut Ogrodnictwa , ul. Konstytucji 3 Maja 1/3, 96-100 Skierniewice, woj. łódzkie, tel. 46 833 20 21, faks 46 833 32 28.

• 
  Adres strony internetowej zamawiającego:
  www.inhort.pl

I. 2) RODZAJ ZAMAWIAJĄCEGO:
Inny: Instytut Badawczy.

SEKCJA II: PRZEDMIOT ZAMÓWIENIA

II.1) OKREŚLENIE PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA

II.1.1) Nazwa nadana zamówieniu przez zamawiającego:
Sukcesywne usługi sekwencjonowania DNA i transkryptomów oraz syntezy oligonukleotydów.

II.1.2) Rodzaj zamówienia:
usługi.

II.1.4) Określenie przedmiotu oraz wielkości lub zakresu zamówienia:
Przedmiotem zamówienia jest: sukcesywne świadczenie usług sekwencjonowania DNA i transkryptomów oraz syntezy oligonukleotydów. SEKWENCJONOWANIE METODĄ SANGERA: Przedmiotem zamówienia jest sekwencjonowanie DNA mikrooganizmów z zastosowaniem sekwenatorów firmy Applied Biosystems w probówkach przygotowanych przez Zamawiającego. Standardowa długość odczytów 500-800 nukleotydów (z możliwością odczytów extra long o długości 1000-1100 nukleotydów w zależności od jakości matrycy). Matryce wraz ze starterami będą wysyłane pocztą kurierską na koszt Wykonawcy (min. ilość próbek w jednej przesyłce - 10 szt.). Opis próbek do sekwencjonowania (płytki i probówki) za pośrednictwem skryptu znajdującego się na stronie internetowej Wykonawcy. Wyniki reakcji sekwencjonowania i rozdziału elektroforetycznego będą umieszczane przez Wykonawcę na jego stronie internetowej w formie pliku tekstowego i fluorogramu w formacie .abi otwieranego przez program np. FinchTV i Chromas. Wykonawca utworzy dla Zamawiającego na swojej stronie swoje indywidualne konto z hasłem znanym tylko Zamawiającemu i Wykonawcy. Po umieszczenia wyników na stronie internetowej Wykonawca będzie wysyłał do Zamawiającego e-mail z informacją o możliwości odebrania wyników. Czas wykonania zlecenia do 2 dni roboczych od daty i godziny przekazania próbek (matryca i startery) do sekwencjonowania przez Zamawiającego kurierowi wyznaczonemu przez Wykonawcę. Reklamacje będą zgłaszane drogą elektroniczną przez Zamawiającego. Wykonawca ma obowiązek potwierdzenia ich przyjęcia. W przypadku błędów Wykonawcy, zlecenie zostanie bezpłatnie wykonane ponownie w jak najkrótszym czasie, nie dłuższym jednak niż 2 dni robocze. SYNTEZA OLIGONUKLEOTYDÓW: Przedmiotem zamówienia jest synteza oligonukleotydów standardowych w skali 20 nmol. Poszczególne oligonukleotydy o konkretnej sekwencji będą zamawiane sukcesywnie przez skrypt na polskojęzycznej stronie internetowej Wykonawcy. Oligonukleotydy muszą mieścić się w długości między 15 a 80 nukleotydów. Czas dostawy do 3 dni roboczych liczony od momentu złożenia zamówienia przez skrypt internetowy w godz. 8:00 - 18:00 (oligonukleotydy zamówienie po 18:00 będą miały naliczany czas realizacji zamówienia od 8:00 dnia następnego). Dostawa oligonukleotydów standardowo w formie zliofilizowanej z informacją w jakiej objętości należy zawiesić otrzymany liofilizat, aby uzyskać stężenie 100 ?M. Dla wybranych zamówień musi istnieć możliwość otrzymywania oligonukleotydów zawieszonych w wodzie (prośba będzie zaznaczana w polu uwagi podczas składania danego zamówienia szczegółowego). Na stronie Wykonawcy Zamawiający będzie posiadał spersonalizowane konto opatrzone hasłem, za którego pośrednictwem będzie składał zamówienia oraz będzie miał możliwość śledzenia historii wszystkich zamówień i faktur. SEKWENCJONOWANIE 10 TRANSKRYPTOMÓW BAKTERYJNYCH W DWÓCH POWTÓRZENIACH Z OPRACOWANIEM WYNIKÓW: Usługa obejmuje: 1) Przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania (w dwóch powtórzeniach) na podstawie otrzymanej próbki RNA o zmniejszonej ilości rRNA. Dostarczona ilość RNA nie będzie mniejsza niż 100 ng. Przygotowane biblioteki mają umożliwić sekwencjonowanie zarówno transkryptów genów jak i frakcji małych RNA (50-200 zasad). W przypadku gdy genom badanego szczepu będzie nieznany lub bardzo odmienny od sekwencji referencyjnej usługa powinna obejmować także przygotowanie biblioteki fragmentów losowych (ang. shotgun) DNA genomowego. 2) Sekwencjonowanie przez syntezę (w dwóch powtórzeniach) ze sparowanymi odczytami o długości 250 zasad. W przypadku sekwencjonowania biblioteki DNA genomowego wymagana jest minimalne średnie pokrycie na poziomie 50x. 3) Opracowanie wyników sekwencjonowania NGS: - złożenie de novo genomu badanej bakterii do kontigów oraz ich annotacje (jeżeli wymagane przez Zamawiającego) - określenie profilu ekspresji genów zarówno przy znanej jak i nieznanej sekwencji genomu, - analiza profili ekspresji różnych próbek z możliwością przedstawienia wyników w tabelach według specyfikacji Zamawiającego, - wytypowanie genów o statystycznie znaczącej różnicy ekspresji w dwóch różnych próbkach za pomocą narzędzi pakietu R/Bioconductor edgeR oraz/lub DESeq (w tym analiza jakościowa oraz wizualne przedstawienie wyników), - annotacje genów terminami ontologicznymi z bazy danych Gene Onthology oraz dostępnymi informacjami na temat ścieżek metabolicznych z bazy danych KEGG. Czas wykonania - do 10 dni roboczych od momentu przekazania próbki do Wykonawcy. Zamawiający będzie przesyłał próbki pojedynczo. Zamawiający zastrzega, że wyszczególnione w tabeli ilości zamawianych usług są planowane i mogą ulec zmianie w trakcie realizacji umowy (zmniejszeniu/zwiększeniu w poszczególnych pozycjach do wysokości 20% planowanej ilości) bez przekraczania maksymalnej wartości przedmiotu zamówienia..

II.1.5) przewiduje się udzielenie zamówień uzupełniających:

• 
  Określenie przedmiotu oraz wielkości lub zakresu zamówień uzupełniających
  
• Zamawiający przewiduje udzielenie zamówień uzupełniających, o których mowa w art. 67 ust. 1 pkt 6 ustawy Pzp, w wysokości nie więcej niż 50% wartości zamówienia podstawowego

II.1.6) Wspólny Słownik Zamówień (CPV):
73.11.10.00-3.

II.1.7) Czy dopuszcza się złożenie oferty częściowej:
nie.

II.1.8) Czy dopuszcza się złożenie oferty wariantowej:
nie.

II.2) CZAS TRWANIA ZAMÓWIENIA LUB TERMIN WYKONANIA:
Zakończenie: 30.09.2014.

SEKCJA III: INFORMACJE O CHARAKTERZE PRAWNYM, EKONOMICZNYM, FINANSOWYM I TECHNICZNYM

III.1) WADIUM

Informacja na temat wadium:
Zamawiający nie wymaga wniesienia wadium

III.2) ZALICZKI

III.3) WARUNKI UDZIAŁU W POSTĘPOWANIU ORAZ OPIS SPOSOBU DOKONYWANIA OCENY SPEŁNIANIA TYCH WARUNKÓW

• 
  III. 3.1) Uprawnienia do wykonywania określonej działalności lub czynności, jeżeli przepisy prawa nakładają obowiązek ich posiadania
  

  
  Opis sposobu dokonywania oceny spełniania tego warunku
  

  • Zamawiający nie stawia szczegółowego warunku w tym zakresie. Ocena spełniania warunku zostanie dokonana wg formuły spełnia - nie spełnia, w oparciu o oświadczenie załączone do oferty

• 
  III.3.2) Wiedza i doświadczenie
  

  
  Opis sposobu dokonywania oceny spełniania tego warunku
  

  • Warunek ten zostanie spełniony, jeśli Wykonawca wykaże, że w okresie ostatnich trzech lat przed upływem terminu składania ofert, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy - w tym okresie, wykonał lub wykonuje minimum dwie usługi sekwencjonowania genomowego, oraz załączy dowody, że zostały wykonane lub są wykonywane należycie. Ocena spełniania warunku zostanie dokonana wg formuły spełnia - nie spełnia, wyłącznie w oparciu o oświadczenia i dokumenty załączone do oferty

• 
  III.3.3) Potencjał techniczny
  

  
  Opis sposobu dokonywania oceny spełniania tego warunku
  

  • Zamawiający nie stawia szczegółowego warunku w tym zakresie. Ocena spełniania warunku zostanie dokonana wg formuły spełnia - nie spełnia, w oparciu o oświadczenie załączone do oferty

• 
  III.3.4) Osoby zdolne do wykonania zamówienia
  

  
  Opis sposobu dokonywania oceny spełniania tego warunku
  

  • Zamawiający nie stawia szczegółowego warunku w tym zakresie. Ocena spełniania warunku zostanie dokonana wg formuły spełnia - nie spełnia, w oparciu o oświadczenie załączone do oferty

• 
  III.3.5) Sytuacja ekonomiczna i finansowa
  

  
  Opis sposobu dokonywania oceny spełniania tego warunku
  

  • Zamawiający nie stawia szczegółowego warunku w tym zakresie. Ocena spełniania warunku zostanie dokonana wg formuły spełnia - nie spełnia, w oparciu o oświadczenie załączone do oferty

III.4) INFORMACJA O OŚWIADCZENIACH LUB DOKUMENTACH, JAKIE MAJĄ DOSTARCZYĆ WYKONAWCY W CELU POTWIERDZENIA SPEŁNIANIA WARUNKÓW UDZIAŁU W POSTĘPOWANIU ORAZ NIEPODLEGANIA WYKLUCZENIU NA PODSTAWIE ART. 24 UST. 1 USTAWY

III.4.1) W zakresie wykazania spełniania przez wykonawcę warunków, o których mowa w art. 22 ust. 1 ustawy, oprócz oświadczenia o spełnianiu warunków udziału w postępowaniu należy przedłożyć:

• wykaz wykonanych, a w przypadku świadczeń okresowych lub ciągłych również wykonywanych, głównych dostaw lub usług, w okresie ostatnich trzech lat przed upływem terminu składania ofert albo wniosków o dopuszczenie do udziału w postępowaniu, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy - w tym okresie, wraz z podaniem ich wartości, przedmiotu, dat wykonania i podmiotów, na rzecz których dostawy lub usługi zostały wykonane, oraz załączeniem dowodów, czy zostały wykonane lub są wykonywane należycie;

III.4.2) W zakresie potwierdzenia niepodlegania wykluczeniu na podstawie art. 24 ust. 1 ustawy, należy przedłożyć:

• oświadczenie o braku podstaw do wykluczenia;
• aktualny odpis z właściwego rejestru lub z centralnej ewidencji i informacji o działalności gospodarczej, jeżeli odrębne przepisy wymagają wpisu do rejestru lub ewidencji, w celu wykazania braku podstaw do wykluczenia w oparciu o art. 24 ust. 1 pkt 2 ustawy, wystawiony nie wcześniej niż 6 miesięcy przed upływem terminu składania wniosków o dopuszczenie do udziału w postępowaniu o udzielenie zamówienia albo składania ofert;
• wykonawca powołujący się przy wykazywaniu spełniania warunków udziału w postępowaniu na zasoby innych podmiotów, które będą brały udział w realizacji części zamówienia, przedkłada także dokumenty dotyczące tego podmiotu w zakresie wymaganym dla wykonawcy, określonym w pkt III.4.2.

III.4.3) Dokumenty podmiotów zagranicznych

Jeżeli wykonawca ma siedzibę lub miejsce zamieszkania poza terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, przedkłada:

III.4.3.1) dokument wystawiony w kraju, w którym ma siedzibę lub miejsce zamieszkania potwierdzający, że:

• nie otwarto jego likwidacji ani nie ogłoszono upadłości - wystawiony nie wcześniej niż 6 miesięcy przed upływem terminu składania wniosków o dopuszczenie do udziału w postępowaniu o udzielenie zamówienia albo składania ofert;

III.4.4) Dokumenty dotyczące przynależności do tej samej grupy kapitałowej

• lista podmiotów należących do tej samej grupy kapitałowej w rozumieniu ustawy z dnia 16 lutego 2007 r. o ochronie konkurencji i konsumentów albo informacji o tym, że nie należy do grupy kapitałowej;

III.6) INNE DOKUMENTY

Inne dokumenty niewymienione w pkt III.4) albo w pkt III.5)

1. Jeżeli Wykonawca powołuje się przy wykazywaniu spełniania warunków udziału w postępowaniu, na potencjał innych podmiotów załączy pisemne zobowiązanie tych podmiotów do oddania mu do dyspozycji niezbędnych zasobów na okres korzystania z nich przy wykonywaniu zamówienia. Przez pisemne zobowiązanie Zamawiający rozumie zobowiązanie złożone w oryginale podpisane przez osobę/osoby upoważnione zgodnie z zasadami reprezentacji podmiotu udostępniającego dany zasób. 2. Jeżeli Wykonawca, wykazując spełnianie warunków o których mowa w art. 22 ust. 1 ustawy, polega na zasobach innych podmiotów na zasadach określonych w art. 26 ust. 2b ustawy, Zamawiający, w celu oceny, czy Wykonawca będzie dysponował zasobami innych podmiotów w stopniu niezbędnym dla należytego wykonania zamówienia oraz oceny, czy stosunek łączący Wykonawcę z tymi podmiotami gwarantuje rzeczywisty dostęp do ich zasobów, żąda dokumentów dotyczących w szczególności: a) zakresu dostępnych Wykonawcy zasobów innego podmiotu, b) sposobu wykorzystania zasobów innego podmiotu, przez wykonawcę, przy wykonywaniu zamówienia, c) charakteru stosunku, jaki będzie łączył Wykonawcę z innym podmiotem, d) zakresu i okresu udziału innego podmiotu przy wykonywaniu zamówienia. 3. Wykonawcy wspólnie ubiegający się o udzielenie zamówienia a) Wykonawcy ci ustanawiają pełnomocnika do reprezentowania ich w postępowaniu albo do reprezentowania ich w postępowaniu i zawarcia umowy w sprawie zamówienia publicznego. b) Wykonawcy ci składają jedną ofertę, przy czym: - dokumenty wymienione w pkt III.4.2 i III.4.4 ogłoszenia potwierdzające, że Wykonawca nie podlega wykluczeniu składa każdy z Wykonawców oddzielnie, - pozostałe dokumenty składa co najmniej jeden z tych Wykonawców albo wszyscy ci Wykonawcy wspólnie. c) Wykonawcy wspólnie ubiegających się o udzielenie zamówienia, których oferta zostanie uznana za najkorzystniejszą, przed zawarciem umowy będą zobowiązani przedstawić Zamawiającemu umowę regulującą współpracę tych Wykonawców. 4. Jeżeli w kraju miejsca zamieszkania osoby lub w kraju, w którym Wykonawca ma siedzibę lub miejsce zamieszkania, nie wydaje się dokumentów, o których mowa powyżej, zastępuje się dokumentem zawierającym oświadczenie, w którym określa się także osoby do reprezentacji Wykonawcy, złożone przed właściwym organem sądowym, administracyjnym albo organem samorządu zawodowego lub gospodarczego odpowiednio kraju miejsca zamieszkania osoby lub kraju, w którym Wykonawca ma siedzibę lub miejsce zamieszkania, lub przed notariuszem. Termin wystawienia stosuje się odpowiednio.

SEKCJA IV: PROCEDURA

IV.1) TRYB UDZIELENIA ZAMÓWIENIA

IV.1.1) Tryb udzielenia zamówienia:
przetarg nieograniczony.

IV.2) KRYTERIA OCENY OFERT

IV.2.1) Kryteria oceny ofert:
najniższa cena.

IV.3) ZMIANA UMOWY

przewiduje się istotne zmiany postanowień zawartej umowy w stosunku do treści oferty, na podstawie której dokonano wyboru wykonawcy:

Dopuszczalne zmiany postanowień umowy oraz określenie warunków zmian

1) możliwość zmiany wysokości wynagrodzenia w przypadku promocyjnego obniżenia cen jednostkowych przez Wykonawcę, 2) możliwość zmiany wysokości wynagrodzenia w przypadku zmiany urzędowej stawki podatku VAT, przy czym zmianie ulegnie wyłącznie cena brutto, cena netto pozostanie bez zmian, 3) możliwość zmiany terminu realizacji usługi szczegółowej lub terminu końcowego realizacji umowy w przypadku wystąpienia zdarzeń losowych, niezależnych od Stron. Pod pojęciem zdarzeń losowych Strony rozumieją okoliczności, które pomimo zachowania należytej staranności są nieprzewidywalne oraz którym nie można zapobiec lub przeciwstawić się skutecznie np. klęska żywiołowa, strajk lub inne. Terminy określone w § 2 ust. 1 umowy mogą ulec przedłużeniu o okres trwania przeszkody uniemożliwiającej realizację umowy.

IV.4) INFORMACJE ADMINISTRACYJNE

IV.4.1)
 
Adres strony internetowej, na której jest dostępna specyfikacja istotnych warunków zamówienia:
http://www.inhort.pl/przetargi_2013_lista.html

Specyfikację istotnych warunków zamówienia można uzyskać pod adresem:
Instytut Ogrodnictwa, Oddział Sadownictwa, 96-100 Skierniewice, ul. Pomologiczna 18, pok. nr 35 - Dział Zamówień Publicznych.

IV.4.4) Termin składania wniosków o dopuszczenie do udziału w postępowaniu lub ofert:
28.05.2013 godzina 12:00, miejsce: Instytut Ogrodnictwa, Oddział Sadownictwa, 96-100 Skierniewice, ul. Pomologiczna 18, pok. nr 26.

IV.4.5) Termin związania ofertą:
okres w dniach: 30 (od ostatecznego terminu składania ofert).

IV.4.17) Czy przewiduje się unieważnienie postępowania o udzielenie zamówienia, w przypadku nieprzyznania środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej oraz niepodlegających zwrotowi środków z pomocy udzielonej przez państwa członkowskie Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu (EFTA), które miały być przeznaczone na sfinansowanie całości lub części zamówienia:
nie